上海海事大學是重點大學，但有12個省部級重點研究基地。目前有國家重點(培育)學科1個，上海高峰學科1個，上海高原學科2個，廳級、市級重點學科9個。工程學科已進入世界ESI前1%，港口與航運物流學科保持全球領先地位。

中國的高等航海教育起源于上海。1909年，清末郵政通信部上海高等工業(yè)學校船政系(南洋學院)開創(chuàng)了中國高等航海教育。吳淞船政學堂成立于1912年，1933年更名為吳淞船政學堂。1959年，交通部在上海成立上海海事學院。2004年經(jīng)教育部批準更名為上海海事大學。為了更好地服務上海國際航運中心建設和全國航運業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海專升本布局結構調(diào)整規(guī)劃，上海海事大學主體于2008年遷至臨港新城(現(xiàn)上海自貿(mào)區(qū)臨港新區(qū))。2020年，學校成功舉辦了一系列慶祝110周年的活動。

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